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Anal Chem II 自上而下的蛋白质组学能够对小鼠品系之间的脑蛋白质进行比较分析

MSprotech 2020-09-30 15:34:54

本周跟大家分享一篇20182月发表于Analytical Chemistry 上的文章:Top-DownProteomics Enables Comparative Analysis of Brain Proteoforms Between MouseStrains.自上而下的蛋白质组学能够对小鼠品系之间的脑蛋白质进行比较分析。本文通讯作者是西北大学化学系Neil L. KelleherKelleher团队的核心是围绕复杂混合物分析的专业知识,利用傅立叶变换质谱技术为蛋白质组学和天然产物研究中的靶向应用提供技术支持。

由于小鼠与人类这两个物种之间具有相似的遗传与生理特性,所以神经科学家通过研究小鼠大脑来更好地理解人类大脑和人类生物学。自下而上蛋白质组学(BUP)方法已被用于通过蛋白质分离技术(如凝胶双向电泳)鉴定和量化小鼠脑蛋白质组,从而为脑功能和脑相关疾病的分子机制提供新的见解,但是由于BUP很少能够全面表征内源蛋白质,所以可以提供的定性和定量信息的量是有限的。

本文作者使用了自上而下蛋白质组学(TDP)方法,与BUP相比,TDP的优势在于能更好的对蛋白质进行鉴定和完整的表征。本文作者使用了一种无标记的TDP的方法,来描述和量化从四种用于药物和酒精成瘾的近亲小鼠品系的小鼠脑中提取的蛋白质:C57BL / 6JDBA / 2JFVB / NJ ,和BALB / cByJ。作为遗传背景参考最广泛使用的C57BL / 6J很容易摄取乙醇溶液,并显示可卡因、吗啡和其他鸦片制剂的有益作用的行为模式。DBA / 2J大多避免饮酒,对可卡因和吗啡相对于C57BL / 6J的效应显示出不同的敏感性。BALB/ cByJ不能自我服用可卡因,但很容易自我服用阿片类药物,FVB/ NJ已显示对乙醇具有更大的运动刺激反应。实验证明了四种近交系小鼠之间的生理化学差异可以通过取样3.5-30kDa质量范围内的蛋白质来确定。本文作者使用了两种新的软件工具TDPortalTDViewer,它们能够更快速地处理原始数据,并对蛋白质进行高度可靠的定性和无标记定量分析。作者对四种近交品系小鼠的脑组织的分析鉴定了131种基因产物,并鉴定出了593种蛋白质中的343种的全部特征。最后,作者建立了一个充分表征小鼠品系解析蛋白质的数据库,并将其作为神经科学界的网络资源。